업데이트를 하시면 파일들이 최신 파일로 변경이 됩니다.

이전에 수정하신 파일의 내용은 사라지겠죠.

스킨의 경우는 스킨폴더를 복사해서 새로운 스킨으로 만들어 수정하면 업데이트시 변경되지 않습니다. (기본 스킨만 업데이트 됩니다.)

기본 스킨이라는게. 현재는 (avatar/customer/default/thumbnail) 이렇게 네가지로 구성되어있는데

여기의 default 폴더가 기본스킨으로 통하는게아니라, 네가지 모두가 기본 스킨이 되는건가요? 

위의 말이 맞다면, 저는 업데이트시 다시 덮혀써지는것을 방지하기위해서는

저 네가지 폴더 외에 다른이름의 폴더를 하나 만들어서 적용시키면 된다는 말씀이신가요?

네 그렇죠.

avatar, customer, default, thumbnail 네가지 스킨 모두 기본적으로 포함된 스킨이니 다른이름의 스킨을 만드세요.

또한 디자인 수정하시려면 css 스타일이 겹치치 않도록 id값을 변경해서 하시면 좋습니다. (style.css 파일 내용을 말한는 겁니다.)